尽管促排药物可促使排卵发生，但并不能保证排出的卵子质量良好。PCOS患者的卵泡发育过程中可能存在问题，促成卵子成熟度不足或存在其他缺陷，进而影响受精及胚胎发育。子宫内膜的状态直接影响着受精卵能否顺利着床。
PCOS患者常伴有胰岛素抵抗现象，这可能衍生出子宫内膜厚度异常、血流减少等问题，连锁反应下降低着床率。持续高水平的雄激素不仅会影响卵子质量，还可能干扰胚胎着床过程，并增加早期流产的风险。另外，高雄激素状态还会改变宫颈粘液性质，不利于精子进入子宫。许多PCOS患者存在胰岛素抵抗及体重超标的情况。这两种状况均可致使体内炎症反应加剧，连锁反应下影响生殖系统功能，包括降低卵子质量、干扰激素平衡等。特定情境中，免疫系统异常也可能是促成不孕的原因之一。
例如，自身抗体攻击生殖细胞，或子宫内膜免疫环境异常，均会阻碍胚胎着床。输卵管堵塞或粘连也是造成不孕的重要原因之一。尽管成功促排并产生优质卵子，若输卵管不通畅，则精子无法与卵子相遇完成受精过程。男性因素同样不可忽视。精子数量不足、活力低下等问题均会显著降低自然受孕几率。正因如此，在评估不孕原因时，应伴随地考虑夫妻双方情况。长期不孕带来的心理压力会对生育能力产生负面影响。过度焦虑、紧张等情绪状态会影响下丘脑垂体性腺轴的功能，进而干扰正常排卵周期。
随着年龄增长，女性卵巢储备逐渐减少，卵子质量下降，即便进行促排卵治疗，成功率也会相应降低。显著如对于高龄PCOS患者而言，年龄本身即为一大不利因素。